基本的なゲームシステムはRosenkreuzstilette(無印)と同様です。
まずは8人のボスを各個撃破していくことが目的となります。
本編と同じく、replayフォルダの中にリプレイファイルが作成されます。
ARCADE/STORYの欄が、FR:ARC/FRS:STOと表示されます。
フロイディアの基本操作はスピリティアと同様です。
基本動作はショット・ジャンプ・スライディングです。
ボスを倒すことにより、フロイディアは新たな魔力を編み出します。
またボスには弱点となる魔力が存在します。
弱点をつけば、強いボスも簡単に倒すことができるでしょう。
フロイデンシュタッヘルはSHOTボタンを押し続けることにより、連射することができます。
スライディング中も撃つことができます。
フロイデンシュタッヘルには魔力ゲージが存在します。
魔力ゲージが0になるとSHOTボタン押し続けによる連射が不可能になり、
また連射力が大幅にダウンしてしまいます。